Proceso nuevo analiza las mutaciones predominantes del SARS-CoV-2 así como las posibles variantes nuevas del virus

El kit de mapeo de mutaciones de cepa única, Click Tech, para el SARS-CoV-2, desarrollado por baseclick GmbH (Munich, Alemania), junto con métodos de secuencia de “lectura larga”, como los proporcionados por Pacific Biosciences (Menlo Park, CA, EUA), permiten una asignación genómica exacta y una evaluación de la frecuencia de nuevas variantes de virus emergentes en la población. Con el método de análisis, también es posible identificar todas las mutaciones del SARS-CoV-2 en un paciente con COVID-19, incluidas las que se encuentran durante el curso de la enfermedad.

La rápida propagación de la variante B.1.1.7 del virus SARS-CoV-2, recién emergente en el Reino Unido y otros países, muestra que los cambios en el genoma del virus SARS-CoV-2 pueden conducir a nuevas propiedades biológicas. La mayoría de las aproximadamente 12.000 mutaciones en el genoma del virus SARS-CoV-2 que se han identificado desde febrero de 2020, hasta ahora no cambiaron las propiedades biológicas del virus. Sin embargo, algunas de las casi 4.000 mutaciones que se identificaron en la proteína Spike (proteína S) influyeron en las propiedades biológicas de infectividad, progresión de la enfermedad e inmunogenicidad del virus mutante SARS-CoV-2. Es cada vez más importante contener y gestionar el progreso de la infección no solo mediante la detección de una infección por el SARS-CoV-2, p. ej., mediante PCR, sino también para realizar un análisis genético de la cepa infectante.

Actualmente, el análisis genético del SARS-CoV-2 se basa en los métodos Amplicon. La parte del genoma responsable de la infectividad, la progresión de la enfermedad y la inmunogenicidad se diseca en pequeñas secciones y posteriormente se secuencia. Las mutaciones y, por tanto, las posibles nuevas variantes de virus se determinan mediante métodos matemáticos. Por el contrario, baseclick ofrece un kit que genera primero una copia de ADNc 1:1 del genoma completo de 30.000 bases de longitud de ARNm del SARS-CoV-2, independientemente de la cepa involucrada. En segundo lugar, los fragmentos genómicos superpuestos de hasta 4,2 kb, se amplifican de la parte del genoma que codifica la S-E-M-N crítica. Cuando se combinan con las tecnologías NGS de lectura larga existentes, estos fragmentos de ADN largos se pueden utilizar, incluso, para distinguir y caracterizar con precisión múltiples variantes del SARS-CoV-2. Esto se puede utilizar para predecir, p. ej., la plasticidad del genoma, la presencia de múltiples cepas en un paciente, la acumulación de mutaciones durante la infección en pacientes, etc.

“Es una buena noticia que baseclick haya desarrollado un método de análisis altamente eficiente para analizar las mutaciones del SARS-CoV-2 desde el aumento de la aparición de nuevas cepas del virus del SARS-CoV-2”, dijo el Dr. Thomas Frischmuth, director ejecutivo de baseclick. “Con nuestro kit de secuenciación, la sección del genoma responsable de la infectividad, la progresión de la enfermedad y la inmunogenicidad se analiza directamente y las mutaciones se pueden asignar directamente sin ningún paso matemático intermedio”.

“La investigación sobre las mutaciones del SARS-CoV-2 y las cepas de virus emergentes apenas comienza. Un mayor conocimiento sobre esto apoyará el desarrollo de vacunas, las terapias y el manejo de esta pandemia, y hacemos una contribución nueva y decisiva a esto”, agregó el Dr. Frischmuth.

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