Panel dirigido de secuenciación de ARN detecta las fusiones de genes en los tumores sólidos

Las técnicas moleculares, como la hibridación fluorescente in situ (FISH), la PCR con transcripción inversa (RT-PCR) y la secuenciación de Sanger y de próxima generación (NGS), han permitido el descubrimiento de fusiones características asociadas con tumores particulares. Con FISH y RT-PCR, los genes involucrados deben ser conocidos o sospechados y, por lo general, solo se realizan unos pocos ensayos priorizados, debido a limitaciones de costo y tiempo. Estos métodos no son adecuados para la identificación de nuevos socios de fusión.

Los científicos clínicos de la Facultad de Medicina de la Universidad de Washington (St. Louis, MO, EUA) incluyeron 153 casos de sarcoma y carcinoma, presentados para pruebas FISH, RT-PCR o NGS basada en ADN durante la evaluación diagnóstica entre 2013 y 2019, que fueron identificados retrospectivamente de su base de datos institucional. Los portaobjetos teñidos con hematoxilina y eosina y los bloques de parafina se examinaron en busca de tejido adecuado (al menos lo suficiente para un “punch” de 1 mm, con una celularidad tumoral ≥50% en el área perforada).

La desparafinización y la extracción de ARN se realizaron con el kit de aislamiento de ácido nucleico total, RecoverALL para FFPE (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA). La calidad del ARN y la cantidad de entrada fueron determinadas por Bioanalyzer (Agilent Technologies, Santa Clara, CA, EUA), con valores DV200, según el protocolo del kit TruSight RNA Fusion Panel (Illumina, San Diego, CA, EUA). La preparación de la biblioteca se realizó con el kit TruSight RNA Fusion Panel. La secuenciación se realizó en los sistemas Illumina MiSeq y NextSeq 550, mediante lecturas de extremos emparejados (2 × 75 nucleótidos).

El equipo informó que un total de 138 casos se secuenciaron con éxito con métricas de control de calidad adecuadas (90%). Hubo 110 sarcomas, con 31 sarcomas sin especificación adicional, 25 sarcomas de Ewing y 13 sarcomas sinoviales, entre otros. Un total de 101 de 138 (73%) casos fueron concordantes por secuenciación de ARN y el método de análisis anterior. La secuenciación de ARN identificó 30 casos adicionales (22%) con fusiones que no fueron detectadas por métodos convencionales. En siete casos (5%), la información de fusión adicional proporcionada por la secuenciación del ARN habría alterado el diagnóstico y el manejo. Se descubrieron un total de 19 (14%) pares de fusión nuevos, no descritos previamente en la literatura.

Los autores concluyeron que el análisis de fusión es una prueba complementaria beneficiosa que proporciona un valor clínico significativo para el patólogo y el equipo de tratamiento. La secuenciación dirigida de ARN en tejido FFPE es un método que permite la detección sensible de múltiples genes de fusión potenciales, simultáneamente. Esta prueba se puede realizar en el momento del examen patológico en muestras de biopsia o resección para ayudar en el diagnóstico y el tratamiento clínico precisos. El estudio fue publicado el 1 de diciembre de 2021 en la revista Journal of Molecular Diagnostics.

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Facultad de Medicina de la Universidad de Washington
Agilent Technologies
Illumina