Se desarrollan biopsias líquidas con uso potencial para los tumores cerebrales

La tasa de detección y la concentración de ADN tumoral libre de células (cftADN) en el plasma de pacientes con glioma son extremadamente bajas, lo que hace que el glioma sea refractario a los métodos actuales de biopsia líquida en el plasma. Estudios recientes que utilizan la secuenciación del ADN de líquido cefalorraquídeo (LCR) mostraron que la fracción de ADN mutante en el LCR era mayor que en el plasma de los pacientes con glioma.

Los científicos de Cancer Research UK (Cambridge, Reino Unido) y sus colegas, reclutaron a 13 pacientes con glioma y analizaron su LCR. El ADN se extrajo de alícuotas individuales (2 mL) de las muestras preoperatorias de LCR utilizando el kit de ácido nucleico circulante QIAamp (Qiagen, Hilden, Alemania). El equipo utilizó una secuenciación de genoma completo no dirigida y de baja cobertura (<0,4 ×), para detectar alteraciones en el número de copias somáticas (SCNA) del ADN sin células en el LCR de los pacientes con glioma. La combinación de análisis de estos SCNA con patrones de fragmentación de ADN determinados mediante la secuenciación de extremos pareados, permite la detección de cftADN en el LCR utilizando datos de secuenciación superficial del genoma completo (sWGS).

El equipo determinó la presencia de cftADN en el LCR sin ningún conocimiento previo de las mutaciones puntuales presentes en el tumor. También mostraron que el patrón de fragmentación del ADN libre de células en el LCR es diferente al del plasma. Este método de detección de bajo costo proporciona información sobre el genoma del tumor y se puede utilizar para identificar a aquellos pacientes con altos niveles de cftADN para una secuenciación a mayor escala, como la secuenciación de todo el exoma y del genoma completo. Los SCNA fueron detectados por sWGS en el LCR de cinco de los 13 pacientes. Los fragmentos de ADN libres de células son más cortos en el LCR que en el plasma, con >50% de los fragmentos por debajo de 150 pb. Las distribuciones de longitud de los fragmentos de ADN libres de células del LCR mostraron picos periódicos de 10 pb, que se redujeron en las muestras en las que se detectaron SCNA. Los SCNA y los patrones de fragmentación de ADN en los datos de sWGS pueden mejorar la detección de tumores utilizando muestras de LCR.

Florent Mouliere, PhD, el primer coautor del estudio dijo: “Las biopsias líquidas son muy prometedoras para varios tipos de cáncer, pero las pruebas para detectar tumores cerebrales se han retrasado debido a los bajos niveles de ADN tumoral en los fluidos corporales, en particular la sangre. Nuestro trabajo muestra que se puede utilizar una técnica barata y fácilmente disponible para analizar el ADN tumoral en el líquido cefalorraquídeo. En el futuro, prevemos que esta técnica se podría utilizar para identificar a los pacientes que podrían beneficiarse de pruebas adicionales para ayudar a controlar su enfermedad, abriendo enfoques de tratamiento más personalizados”. El estudio se publicó el 6 de noviembre de 2018, en la revista EMBO Molecular Medicine.

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Cancer Research UK
Qiagen