Pruebas genéticas actuales pasan por alto a sus portadores de variantes patógenas

Los recientes avances en la secuenciación de próxima generación han ampliado enormemente el uso de paneles de pruebas para múltiples genes en el diagnóstico y la gestión clínica. Los paneles multigénicos son más sensibles y eficientes que los paradigmas de prueba tradicionales y son cada vez más asequibles. Además, los paneles multigénicos aumentan la probabilidad de detectar un componente genético de la línea germinal subyacente en enfermedades con heterogeneidad genética, como el cáncer.

Un equipo de científicos que trabajaron bajo los auspicios de Color Genomics, Inc. (Burlingame, CA, EUA), estudiaron de manera retrospectiva a 23.179 individuos que tenían resultados de la Prueba de Cáncer Hereditario de Color, entre mayo de 2016 y septiembre de 2017. La Prueba de Cáncer Hereditario de Color se usó para analizar 30 genes en los que las variantes patógenas se asociaron con un riesgo elevado de cáncer hereditario, que incluye el de mama, ovario, útero/endometrio, colorrectal, melanoma, páncreas, próstata y estómago.

El ADN se extrajo de muestras de sangre o saliva y se purificó utilizando el kit de extracción de ADN Chemagic (Perkin Elmer, Waltham, MA, EUA) automatizado en el Hamilton STAR (Hamilton, Reno, NV, EUA) y los instrumentos Perkin Elmer Chemagic Liquid Handler. Los genes analizados abarcan BRCA1, BRCA2, CDKN2A, PTEN, TP53 y más. El enriquecimiento de objetivos se realizó con un procedimiento de captura híbrido Hamilton STAR automatizado utilizando sondas SureSelect XT (Agilent, Santa Clara, CA, EUA) antes de ser cargados en el instrumento NextSeq 500/550 (Illumina, San Diego, CA, EUA) para secuenciación de 150 pares de bases de los extremos emparejados.

El equipo identificó 2.811 variantes patógenas en 2.698 individuos, una frecuencia global de variante patógena de 11,6%. Las variantes patógenas en BRCA1 y BRCA2 representaron casi un tercio de todos los resultados positivos, mientras que las variantes patógenas relacionadas con el síndrome de Lynch representaron otro 7,0% de los resultados. Señalaron que se podían encontrar variantes patógenas en BRCA1 o BRCA2 en todos los grupos étnicos. Si bien la mayoría de los individuos con un resultado positivo albergaba solo una única variante patógena, un pequeño número tenía dos o más variantes patógenas, como en BRCA1 o BRCA2 y en otro gen vinculado al cáncer. De los 18.176 individuos en su cohorte con suficientes historiales de salud, 61,3% cumplieron con los criterios para las pruebas genéticas de cáncer de mama, ovario, colorrectal o gástrico y 38,7% no lo hicieron.

Entre los pacientes que no cumplieron con los criterios de prueba, pero a quienes les realizaron las pruebas de todos modos, los científicos informaron una frecuencia patógena del 8,2% y de ellos, el 21,7% tenía variantes patógenas en genes con criterios de prueba bien establecidos. Eso significa que, de los 749 individuos que se identificaron con una variante patógena en BRCA1, BRCA2, TP53 o PTEN, el 18,4% no habría cumplido con las pautas de prueba para el cáncer de mama y ovario. De manera similar, un poco más de un tercio de las personas que identificaron con variantes relacionadas con el síndrome de Lynch no habrían cumplido con los criterios de prueba. El estudio fue publicado el 11 de junio de 2019 en la revista Journal of Molecular Diagnostics.

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