Un análisis para la demencia obtiene una evaluación favorable

Una expansión de la repetición de hexanucleótidos GGGGCC en C9orf72 es la causa genética más común de la esclerosis lateral amiotrófica y de la degeneración frontotemporal. La determinación exacta y la cuantificación de la longitud de repetición son fundamentales tanto en el ámbito clínico como en el de investigación. Sin embargo, debido a la complejidad de la expansión C9orf72 con alto contenido de GC, un gran tamaño de repeticiones y la alta tasa de inserciones/deleciones (indels) además de las variaciones de secuencia en las regiones que las rodean, el análisis genético molecular del locus es un desafío.

Los científicos de la Universidad de Pensilvania (Filadelfia, Pensilvania, EUA) evaluaron un ensayo de PCR de lectura prolongada, para C9orf72 disponible comercialmente para uso exclusivo en investigación, el ensayo AmplideX PCR/CE C9orf72 (AmplideX-C9, Asuragen, Austin, TX , EUA), y comparó su desempeñó con su procedimiento de expansión de C9orf72 desarrollado en el laboratorio. El grupo utilizó la genotipificación de todo el genoma y la secuenciación de próxima generación para identificar factores de riesgo y nuevas mutaciones, luego integró la información de estos estudios genéticos, el análisis de expresión de ARN, el fenotipo clínico, los biomarcadores, las imágenes y la neuropatología para ayudar a comprender mejor la patogénesis de la enfermedad.

El equipo informó que, en comparación con el procedimiento de expansión C9orf72, desarrollado en el laboratorio, el kit AmplideX-C9 demostró un flujo de trabajo más eficiente, mayor eficiencia de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para dimensionar expansiones repetidas y una amplitud pico mejorada con menor cantidad de ADN y mayor sensibilidad analítica. Esto, a su vez, permitió la detección de indels en los extremos 3' aguas abajo de la región de expansión repetida en los alelos expandidos, mostró una mayor tasa de éxito con las muestras de tejido incluidas en parafina y fijadas con formalina, y facilitó la evaluación del mosaicismo repetido.

Los autores concluyeron que AmplideX-C9 no solo ayudará a mejorar las pruebas clínicas para la esclerosis lateral amiotrófica asociada a C9orf72 y la degeneración frontotemporal, sino que también será una herramienta científica valiosa para caracterizar mejor la complejidad de las expansiones y estudiar los efectos de las variaciones de las indels/secuencias en la región que las rodean.

Vivianna Van Deerlin, MD, PhD, profesora de patología y medicina de laboratorio y autora principal del estudio, dijo: "La prueba AmplideX-C9 realiza la amplificación específica del gen y el ensayo de cebado repetido en una sola reacción, requiere menos ADN para lograr una mayor intensidad máxima, y puede proporcionar un tamaño de expansión de hasta 140 repeticiones en comparación con alrededor de 70 para la LDT". El estudio fue publicado en línea el 20 de agosto de 2018 en la revista Journal of Molecular Diagnostics.

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Universidad de Pensilvania
Asuragen