Análisis transcriptómico revela firmas proinflamatorias asociadas con la progresión de la LMA

Actualmente, la validación pronóstica y la asignación de tratamientos en la LMA se basan en características morfológicas, citogenéticas y genéticas. Sin embargo, la estratificación del riesgo, incluida la predicción de recaídas, sigue siendo un desafío, especialmente para pacientes sin aberraciones genéticas causales.

Un equipo internacional de científicos nórdicos dirigido por los de la Universidad de Uppsala (Uppsala, Suecia), incluyó en un estudio muestras secuenciales de LMA crioconservadas de 47 pacientes adultos y 23 pacientes pediátricos con LMA. Sesenta y tres de los pacientes tenían LMA de novo; siete pacientes tenían un diagnóstico previo de síndromes mielodisplásicos, LMA relacionada con la terapia o síndromes mielodisplásicos relacionados con la terapia. La duración mediana de la supervivencia libre de eventos (SSC) para los casos de recaída fue de 16,3 meses (rango, 1,1-126,0 meses) para adultos y 11,0 meses (rango, 2,3-33,6 meses) para niños.

Se aislaron células mononucleares de aspirados de médula ósea (MO) o sangre periférica mediante centrifugación en gradiente de Ficoll y se criopreservaron hasta su uso. El ARN total se extrajo mediante el kit AllPrep DNA/RNA/Protein (Qiagen, Hilden, Alemania). La preparación de la biblioteca (bibliotecas de ARN total [depleción ribosomal] de Illumina TruSeq Stranded) y los estudios de secuenciación de ARN se lograron con los sistemas HiSeq 2500 y/o NovaSeq 6000 (Illumina, San Diego, CA, EUA). El análisis de expresión génica diferencial se realizó utilizando Qlucore Omics Explorer 3.6 (Qlucore AB, Lund, Suecia).

Los investigadores informaron que el análisis de la expresión génica reveló la asociación de una supervivencia corta sin eventos con la expresión exagerada de GLI2 e IL1R1, así como con la regulación a la baja de ST18. Además, la regulación negativa de CR1 y la regulación positiva de DPEP1 se asociaron con la recaída de la LMA, tanto en adultos como en niños. Finalmente, el análisis, basado en el aprendizaje automático y en la red, identificó CD6 expresado exageradamente e INSR regulado a la baja como genes altamente copredictivos que representan características importantes asociadas con la recaída entre pacientes adultos con LMA.

Los autores concluyeron que sus resultados resaltan la importancia de los enfoques de estudio complementarios para dilucidar completamente las diferencias biológicas entre los blastos de leucemia en el momento del diagnóstico y sus contrapartes en una etapa posterior durante la progresión del tumor. Identificaron genes expresados diferencialmente nuevos o no apreciados anteriormente asociados con la progresión tumoral en la LMA (p. ej., IL1R1, CR1, GLI2), muchos de los cuales se espera que promuevan un entorno tumoral proinflamatorio. El estudio fue publicado el 7 de enero de 2022 en la revista Blood Advances.

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