Secuenciación del genoma es más informativa que el análisis citogenético en los cánceres mieloides

La secuenciación del genoma completo es un método imparcial para detectar todo tipo de mutaciones y podría ser usado potencialmente para reemplazar los algoritmos de prueba actuales. Dicha secuenciación también se puede realizar en una cantidad limitada de ADN y puede identificar cambios genómicos que pueden ser crípticos en otros tipos de análisis. Estas características de la secuenciación del genoma completo sugieren que podría mejorar el perfil genómico en pacientes con cáncer.

Un gran equipo de científicos dirigido por los de la Universidad de Washington en St. Louis (St. Louis, MO, EUA), utilizó un enfoque simplificado de secuenciación del genoma completo (ChromoSeq) para obtener perfiles genómicos de 263 pacientes con cánceres mieloides, incluidos 235 pacientes a quienes les habían realizado con éxito un análisis citogenético. El equipo analizó el desempeño de la secuenciación del genoma completo comparando sus resultados con los hallazgos del análisis citogenético y la secuenciación dirigida. La secuenciación se realizó en instrumentos de secuenciación, NovaSeq 6000 (Illumina, San Diego, CA, EUA). Los científicos utilizaron hibridación fluorescente in situ (FISH), reacción en cadena de la polimerasa (PCR), análisis de microarrays cromosómicos y datos de secuenciación de ARN para confirmar los hallazgos sobre la secuenciación del genoma completo que no habían sido detectados por análisis citogenético.

Los investigadores informaron que la secuenciación del genoma completo detectó las 40 translocaciones recurrentes y las 91 alteraciones en el número de copias que se habían identificado mediante análisis citogenético. Además, identificaron nuevos eventos genómicos clínicamente notificables en 40 de 235 pacientes (17,0%). La secuenciación prospectiva de muestras obtenidas de 117 pacientes consecutivos se realizó en una mediana de cinco días y proporcionó nueva información genética en 29 pacientes (24,8%), lo que cambió la categoría de riesgo para 19 pacientes (16,2%). Los grupos de riesgo de LMA estándar, según se definen mediante la secuenciación de los resultados en lugar del análisis citogenético, se correlacionan con los resultados clínicos. La secuenciación del genoma completo también se utilizó para estratificar a los pacientes que tenían resultados no concluyentes mediante el análisis citogenético en grupos de riesgo en los que los resultados clínicos eran significativamente diferentes.

Los autores concluyeron que la secuenciación del genoma completo proporcionó un perfil genómico rápido y exacto en pacientes con LMA o SMD. Dicha secuenciación también proporcionó un mayor desempeño diagnóstico que el análisis citogenético convencional y una estratificación de riesgo más eficiente sobre la base de categorías de riesgo estándar. Los autores estimaron el costo de la WGS en su estudio, en alrededor de 1.900 dólares, lo que lo coloca en el rango de otras plataformas de análisis. En los laboratorios de alto rendimiento, el costo podría ser de unos 1.300 dólares. A medida que disminuya el costo de la secuenciación, es probable que la WGS alcance la paridad de precios con las plataformas de prueba convencionales. El estudio fue publicado el 11 de marzo de 2021 en la revista The New England Journal of Medicine.

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Illumina