Secuenciación de ARN es una alternativa a la inmunohistoquímica en el diagnóstico del cáncer

Otro método alternativo es la secuenciación de ARN que implica determinar la secuencia y el número de moléculas para cada ARN presente en la célula. Los datos resultantes, referidos como el transcriptoma, reflejan la actividad de todos los genes en la célula. Para analizar tan vastos conjuntos de datos, los bioinformáticos emplean algoritmos especializados y compilan bases de datos de transcriptomas para diferentes células y tejidos humanos.

Los científicos del Instituto de Física y Tecnología de Moscú (MIPT, Moscú, Rusia) y sus asociados, examinaron las biomuestras de tejidos tumorales que fueron fijadas con formol e incluidas en bloques de parafina (FFPE). Se obtuvieron muestras de tejido de 39 cánceres de mama (CM) y 19 de cánceres de pulmón (CP). El equipo realizó el primer estudio de correlación de la secuenciación de ARN y los perfiles de expresión medidos por inmunohistoquímica para los genes de biomarcadores clínicamente accionables en muestras de tejido canceroso con FFPE.

El ARN se extrajo de los cortes de FFPE utilizando un kit QIAGEN RNeasy FFPE (Hilden, Alemania). Para medir la concentración de ARN se utilizaron los kits ARN 6000 Nano (Agilent Technologies, San Clara, CA, EUA) o Qubit RNA Assay (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, EUA). El Número de Integridad de ARN (NIR) se midió con el bioanalizador Agilent 2100. El ensayo de inmunohistoquímica para muestras de CM para las proteínas HER2, ESR1 y PGR se realizó mediante kits de anticuerpos (Roche Diagnostics, Indianápolis, IN, EUA) con el fin de identificar los estados respectivos de los tumores. Para HER2, los estados de salida se confirmaron utilizando el ensayo de Cóctel de Sonda de ISH ADN de Roche Diagnostic.

El equipo informó que demostraron correlaciones altas y estadísticamente significativas entre la secuenciación de ARN (protocolo Oncobox, OmicsWay Corp, Walnut, CA, EUA) y las mediciones inmunohistoquímicas para los genes Her2/Erbb2, ER/ESR1 y PGR genes en el CM y para el gen PDL1 en el CP; AUC: 0,963 para HER2, 0,921 para ESR1, 0,912 para PGR y 0,922 para PDL1.

Anton A. Buzdin, PhD, quien dirige el Laboratorio de Bioinformática Genómica Traslacional, dijo: “Pudimos demostrar, por primera vez, que los hallazgos de ambos métodos tienen una concordancia perfecta para el conjunto seleccionado de biomarcadores. Es solo que la inmunohistoquímica requiere un número mucho mayor de intentos, uno por cada biomarcador considerado, lo que significa que se necesita mucho más biomaterial. A su vez, la secuenciación de ARN nos permite caracterizar cuantitativamente el trabajo de todos los genes que codifican proteínas, y hay alrededor de 20.000 de ellos”. El estudio fue publicado originalmente el 9 de mayo de 2020 en la revista Biomedicines.

Enlace relacionado:
Instituto de Física y Tecnología de Moscú
Agilent Technologies
Thermo Fisher Scientific
Roche Diagnostics
OmicsWay Corp