Asocian los niveles de metilación en el cáncer de próstata con los análisis epigenéticos

Si un gen necesario para la reparación del ADN está hipermetilado, afectando la reparación del ADN, se acumularán daños en el ADN. El aumento del daño en el ADN tiende a causar mayores errores durante la síntesis de ADN, lo que conduce a mutaciones que pueden originar el cáncer.

Un equipo internacional de científicos dirigido por el Instituto de Ontario para la Investigación del Cáncer (Toronto, ON, Canadá) generó nuevos datos de secuencia de la línea germinal del genoma completo para 80 individuos con cáncer de próstata no tratado, analizándolos junto con 161 genomas de línea germinal para pacientes con cáncer de próstata, sin tratamiento previo secuenciados para estudios anteriores. Después de las pruebas de validación con datos del proyecto Atlas del genoma del cáncer (TGCA), que incluía perfiles de metilación tumoral y secuencia de exoma o datos de matriz de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP), generados a partir de muestras de sangre de pacientes con cáncer de próstata, se quedaron con un conjunto de casi 7.600 loci de rasgos cuantitativos en la línea germinal que parecían influir en los niveles de metilación. De ellos, se concentraron en 1.178 loci de rasgos cuantitativos de metilación (meQTL) en el genoma que parecían influir específicamente sobre los niveles de metilación del ADN en el tejido tumoral.

Con la secuenciación de inmunoprecipitación de cromatina y otros análisis en líneas celulares de cáncer de próstata o muestras tumorales, el equipo continuó explorando las relaciones entre los meQTL tumorales y otras características genómicas en el tumor; desde modificaciones de histonas y estructura de cromatina hasta niveles de expresión de ARN y proteínas. También buscaron meQTL tumorales con posibles vínculos con la agresividad del cáncer de próstata, identificando un locus de línea germinal sospechoso en el gen TCERG1L, así como un haplotipo del cromosoma 14 que parecía influir en la metilación y la expresión de AKT1. Dado que los niveles alterados de AKT1 fueron implicados en el riesgo de recaída del cáncer de próstata, buscaron posibles vínculos con la supervivencia en otros 101 individuos con cáncer de próstata, descubriendo un aumento aparente en el riesgo de recaída en aquellos que llevan el alelo alternativo en el locus AKT1.

Los autores concluyeron que, en conjunto, estos datos destacan cómo los genotipos de la línea germinal pueden modular el epigenoma tumoral para contribuir a la tumorigénesis de los cánceres de próstata agresivos. Este fenómeno se puede aplicar a otros tipos de tumores, proporcionando una estrategia para crear biomarcadores robustos y mínimamente invasivos para la detección temprana de enfermedades agresivas. El estudio fue publicado el 7 de octubre de 2019 en la revista Nature Medicine.

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Instituto de Ontario para la Investigación del Cáncer