Comparan sistemas de extracción de ADN para muestras de heces

El ADN purificado fue analizado por reacción en cadena de la polimerasa dirigida contra bacterias relevantes presentes en las muestras de heces.

En un estudio llevado a cabo en el Instituto Statens Serum, (Copenhague, Dinamarca), se analizaron y compararon cinco sistemas comerciales de extracción de ADN usando 81 muestras clínicas de heces que eran positivas en cultivo. El ADN se analizó por PCR dirigida a los siguientes microorganismos: Escherichia coli diarreogénica, Campylobacter jejuni, Salmonella enterica, o Clostridium difficile.

Los siguientes cinco sistemas comerciales de extracción de ADN fueron incluidos en el estudio: EasyMAG y BioRobot EZ1 son sistemas semiautomáticos basado en lisis bacteriana seguida de la extracción del ADN mediante perlas magnéticas con partículas de sílice unidas; Bugs'n Beads es un procedimiento manual que primero aísla bacterias enteras, por afinidad específica de partículas magnéticas recubiertas, seguida de lisis y extracción de ADN en las mismas perlas; QIAamp DNA Stool Kit es un procedimiento manual que extrae el ADN de bacterias lisadas en columnas de revolución con sílice unida; y ChargeSwitch es un procedimiento manual que extrae el ADN de bacterias lisadas por partículas magnéticas recubiertas con la matriz ChargeSwitch.

Los resultados mostraron que la PCR múltiplex convencional combinada con los sistemas de extracción EasyMag Specific A, (bioMérieux, Marcy I'Etoile, Francia), BioRobot EZ1 y QIAamp (Qiagen, Hilden, Alemania), ChargeSwitch (Invitrogen, Carlsbad, CA, EUA), EasyMag genérico (bioMérieux), y Bugs'n Beads, (Genpoint, Oslo, Noruega), fueron capaces de identificar, el 91% , 89%, 88%, 85%, 85% y 62% respectivamente, de los patógenos identificados originalmente por los métodos convencionales basados en cultivo. Cuando TaqMan mPCR fue combinada con el protocolo EasyMag Specific A, se identificaron correctamente el 99% de las muestras.

Los resultados demuestran que las eficiencias de extracción pueden variar significativamente entre los diferentes sistemas de extracción; la optimización cuidadosa puede tener un efecto positivo significativo, y el uso de métodos de detección sensibles y específicos como TaqMan PCR son una opción ideal para este tipo de análisis. El estudio fue publicado en marzo de 2011, en la revista Diagnostic Microbiology and Infectious Disease.

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