Las infecciones virales son realmente las etiologías más comunes de infecciones nosocomiales, causando muchas infecciones respiratorias virales e infecciones por rotavirus en el invierno y muchas infecciones por enterovirus en el verano. El virus de la hepatitis B (VHB), el virus de la hepatitis C (VHC) el virus sincitial respiratorio (VSR), los rotavirus y los enterovirus son transmitidos nosocomialmente. Cuando ha habido un tratamiento antibiótico largo y/o inmunosupresión severa, como sucede en los pacientes trasplantados y de oncología, los hongos como la Candida albicans, el Cryptococcus neoformans, y el Aspergillus spp, además de los protozoarios parásitos y otros organismos oportunistas como Cryptosporidium también pueden causar infecciones.

Los micoplasmas como el Mycoplasmas pneumoniae y el M. homini también han sido detectados en pacientes, como causa de infecciones nosocomiales.

Los ectoparásitos como la sarna, los ácaros, los gusanos y las pulgas, pueden ser adquiridos en los hospitales. En los pacientes inmunosuprimidos, se presentan casos de sarna en los que hay hiperqueratosis de la piel y pueden estar presentes literalmente miles de ácaros hembras, y descartadas al ambiente. Son transmitidos al personal hospitalario y a otros pacientes. Cuando las mascotas pueden entrar a los hospitales o instituto de investigación agregado a un hospital, los trabajadores, aunque no necesariamente los pacientes, pueden infectarse por ectoparásitos como las pulgas.

Los gusanos se pueden volver un problema cuando no se cambian los vendajes con suficiente frecuencia. El dolor que emanan las heridas puede atraer a las moscas, que ponen huevos en los vendajes. Después de aproximadamente 12 horas, los huevos generan larvas que pasan a través del vendaje. Además, insectos de vida libre como las hormigas y las cucarachas, que no son parásitos pueden actuar como vectores o transmisores de infecciones.